W roku 1846 podejrzany przez władze carskie o przynależność do spisku zostaje aresztowany i osadzony w X pawilonie warszawskiej Cytadeli. Tam obok przykrości śledztwa przeżył ciężką walkę – fizyczną i duchową. Ta druga była znacznie trudniejsza do przeżycia. Oddajmy głos bohaterowi, który później, po 20 latach, tak opisuje swój stan: „A naprzód staje mi na pamięci łaska nawrócenia mego. Że gdym był w grzechach, żyjąc bez wiary i bez pamięci na Boga, dobroć Boska póty mnie nawiedzała różnymi krzyżami, jak to strata ojca, wielkim zawodem na świecie, niedostatkiem, a w końcu więzieniem i ciężką chorobą, aż w końcu nakłoniłem moje serce na głos Jego. Cóż by się ze mną stało, gdybym umarł wtedy, jak się spodziewano, byłbym teraz w piekle potępiony na wieki... Modlitwa Matki mojej ziemskiej i opieka Matki mojej niebieskiej, tamtej objawiona, ocaliły mnie. Uzdrawiając mnie, Pan Bóg cudownie uzdrowił jeszcze cudowniej duszę moją; wyprowadzając mnie z więzienia, wywiódł razem ze straszniejszej niewoli szatańskiej i z piekła duszę wybawił” (Not. Duch., s. 5).
Na rok przed śmiercią w 1915 r. podczas rachunku sumienia wrócił do tych samych młodzieńczych przeżyć i ze szczerością wyznaje:
„Gdy byłem w Cytadeli, zamiast się upokorzyć, poznać swoje straszne grzechy, to jeszcze wymówki Mu [Panu Bogu] robiłem, że mnie nie ratuje, jakby niewinnego i ze słowami bluźnierstwa wpadłem w obłąkanie, w którym trzy tygodnie zostawałem i byłem już w paszczy diabła, gdyby [nie] Matka Boża ubłagana przez moją Matkę (bo sam nie myślałem o poprawie), przyczyniła się do P. Jezusa, iż przyszedł do mnie do celi więziennej i łagodnie do wiary przyprowadził” (Not. duch., s 545). 15 sierpnia 1846 r. odzyskał wiarę, a z nią i wewnętrzny spokój. „Całą gorysz jego [więzienia], tak Pan Bóg odjął, że mi się w raj ono zmieniło, i tam pokochałem samotność i zacząłem życie duszy” (Not. duch., s. 187, 209). To mistyczne spotkanie z Jezusem było tym cudownym uzdrowieniem i nawróceniem.
W jednej ze swoich książek, utożsamiając się niejako ze św. Pawłem, tajemniczo napisał: „Znaliśmy człowieka, który przez nieszczęśliwe szkolne wychowanie, straciwszy wiarę, żył długo bez pamięci na Boga. jednego razu zostając w samotności, uczuł dotykalnie, jakby Oblicze Boże na nim spoczęło i wtedy odezwał się słowy od dawna niewymawialnymi „Ojcze nasz”. Odtąd wiara powoli, ale coraz bardziej wracała do jego serca i w końcu przywiodła go do poświęcenia się Bogu na służbę” (Nowy dar Jezusa, Kraków 1981, s. 233). W oparciu o zeznania świadków i tradycje w wyżej cytowanych słowach o. Honorat wspomina swoją młodzieńczą historię.