W Nowym Mieście n. Pilicą o. Honorat przeżył Tabor swego życia, jakim były jubileusze 50-lecia życia zakonnego i 50-lecie kapłaństwa. Nowe Miasto było też świadkiem jego Kalwarii. Posądzony został o współudział w tworzeniu ruchu mariawickiego, który wkrótce znalazł się poza Kościołem. Ojciec Antoni Wysłouch, w którym pokładał nadzieję, że będzie kontynuował pracę wśród zgromadzeń, zawiódł go i opuścił zakon. Powyższe fakty, od niego niezależne, rzuciły cień na „nowatorską” działalność zakonotwórczą i przyczyniły się do tego, że nie została ona w pełni zrozumiana i zaakceptowana. Na wniosek Episkopatu Królestwa Polskiego Stolica Apostolska w maju 1908 r. odsunęła o. Honorata od zarządzania zgromadzeniami. Po ludzku był to wielki cios w jego dotychczasową owocną działalność. On przyjął tę decyzję z pokorą i uległością, do czego zachęcił wszystkie swoje dzieci duchowe. Było to prawdziwe oczyszczenie.
W ostatnich latach życia – podobnie jak w Zakroczymiu – przeszedł uciążliwe rewizje i dochodzenia ze strony policji carskiej w Nowym Mieście. Spełniło się jego pragnienie zapisane w Notatniku duchowym w 1907 r.: „Pragnę uczestniczyć w tej wzgardzie, jaką ponosił ukochany Pan mój Jezus Chrystus w dniu Przenajświętszej Męki swojej, gdy był od wszystkich i we wszystkim wzgardzony” (Not. duch., s. 596).
W tym opuszczeniu duchowym i stałej modlitwie oraz pracy na miarę słabnących sił dokonał świątobliwego żywota w klasztorze Braci Mniejszych Kapucynów w Nowym Mieście n. Pilicą. Po długich cierpieniach spokojnie zasnął w Panu i odszedł do domu Ojca 16 grudnia 1916 roku o godz. 17.00.
